肿瘤免疫微环境（TIMEs）的异质性显著影响癌症的发生发展以及临床治疗，单细胞测序技术的发展则帮助开启了免疫微环境研究的新时代，可帮助研究人员更深入的理解和认识免疫微环境从而改善临床治疗效果。
近日，所院生物信息平台高欣联合胡德庆和程涛团队在Cancer Immunology Research期刊在线发表题为Single-cell analysis of the pan-cancer immune microenvironment and scTIME portal的论文。该工作建立了泛癌免疫微环境单细胞参考数据集，整合了来源于6个癌种、136个病人的8套数据集，在单细胞水平进行了泛癌免疫微环境的系统性分析和比较，并开发了门户网站scTIME Portal。
首先，该工作将包含了196,273个细胞的参考数据集定义区分为46个细胞类型亚群，并识别细胞类型特异性转录因子。在进一步分析中，该工作提出了泛癌免疫微环境的共同特征，并在丰度、细胞状态和细胞通讯等方面比较了各细胞类型在不同病人和肿瘤类型中的变化。分析结果表明，功能失调的T细胞的丰度和细胞状态，在不同病人和癌种中变化最大，而调节性T细胞（Treg）则相对稳定。该工作发现，肿瘤相关巨噬细胞（TAM）的其中一个亚群PLTP+C1QC+ TAM，有可能通过细胞因子或趋化因子信号转导来调节功能失调的T细胞丰度。另外，该工作提出免疫微环境的配体-受体通讯网络是癌种特异的，且主要集中在肿瘤富集的免疫细胞类型中。
为了便于研究人员研究分析，该工作发表了在线交互分析平台scTIME Portal。scTIME Portal平台整理分析了来源人和小鼠共49套数据集，并为人类来源的数据集统一标记细胞类型标签。平台内置了常用的分析模块，包括免疫细胞各类型组成和相关性分析、细胞间相互作用分析以及细胞类型特异性基因特征分析等常用模块，这些分析都可以为临床医生或者研究人员提供便捷的检索和直观的分析结果。
该工作可在单细胞水平帮助研究人员深入理解肿瘤免疫微环境的复杂性，从而为不同癌症病人免疫治疗的不同反应提示潜在机制。中国医学科学院血液病医院（中国医学科学院血液学研究所）程涛教授、生物信息平台高欣副研究员、兼职研究员胡德庆为本文的通讯作者，生物信息平台研究助理洪芳、孟倩倩为本文的共同第一作者。
撰稿：洪 芳 高 欣
编辑：柴子越
校对：董 源
审核：祁健伟 周家喜